Çenesinde şekil bozukluğu olan hastalar muayene edilir, ağız kalıpları alınıp dişlerin oklüzyonu (üst ve alt çenedeki dişlerin birbirleri ile uyumu) değerlendirilir ve bazı özel filmler çekilerek filmlerin üzerinde yapılan ölçümlerle (sefalometrik analiz, profilometrik grafiler, periapikal grafiler, 3-D bilgisayarlı tomografi, çene eklemi grafileri ve ortopantomografi) değerlendirilirler. Bu çalışmalar sonunda problemin nerede olduğu kesinlik kazanır, ve buna göre ameliyat planlanır. Örnek vermek gerekirse, çenesi öne çıkık görünen bir kişide asıl problem alt çenede değil, üst çenede olabilir. Üst çene geride ise yine alt çene öndeymiş gibi görünebilir. Sefalometrik analiz ile problemin alt çenede mi, yoksa üst çenede mi olduğu kesin olarak anlaşılır. Bu yüzden ortognatik cerrahide sefalometrik analiz yapılması kuraldır. Sefalometrik analiz ile daha çok kemik yapıdaki problemler incelenebilir. Kemiklerin dansitesi (yoğunluğu), kemikleşme dereceleri, kemiklerin birleşim yerleri (suturalar), kemiklerin içindeki boşluklar (sinüsler) ve kemiklerdeki gelişim gerilikleri bu inceleme ile anlaşılabilir. Sefalometrik analiz için gereken röntgen özel bir düzenek ile çekilir. Burada hastanın başını nasıl tutacağı belirlenmiştir. Baş sabitlendikten sonra belirli bir mesafeden film alınır. Bu filmin boyutları hastanın başınınki ile birebirdir. Bu filmin üzerine saydam asetat kağıdı konarak sefalometrik analizde ölçümleri yapılacak noktalar işaretlanir ve bu ölçümler eldeki normal verilerle karşılaştırılarak kemik yapıdaki sorunun nereden kaynaklandığı kesin olarak öğrenilmiş olur. Hatta bu röntgen üzerinde kesip kaydırmalar yaparak ameliyat sonucunun nasıl olacağını önceden kestirmek de olasıdır. Sefalometrik analizde 4 grup değerlendirme yapılır:

Vertikal yüz ölçümleri: Yüzün çeşitli kısımlarının yükseklikleri değerlendirilir.
Horizontal yüz ölçümleri: Yüzün üst kısımlarının yatay eksendeki gelişimi değerlendirilir.
Horizontal alt yüz ölçümleri: Yüzün alt kısımlarının yatay eksende gelişimi değerlendirilir.
Dental ölçümler: Dişlerin ve dişlerin oturduğu kemik yuvalarının gelişimi ve pozisyonu değerlendirilir.

 Bir sefalometrik analiz örneği:

Ortognatik cerrahide çene kemikleri ileri, geri yada yanlara kaydırılarak; bazende çene kemiklerine özel aparatlar takılarak çene kemikleri uzatılarak şekil değişikliği sağlanır. Çene kemiklerinin belli kesilme şekilleri vardır; kesilen kemik kaydırılır ve istenen pozisyonda metal vidalar ile diğer kemik dokulara tutturulur. Bu ameliyatların sonunda dişlere uzunca bir süre (4-6 hafta) takılmak üzere tel fiksasyonu yapmak gerekir. Bu fiksasyon hem dişlerin birbirleri üzerine düzgün oturmasını (oklüzyonun düzgün olmasını), hemde ameliyatta kesilip, kaydırılan kemiklerin yeni pozisyonlarında düzgün kaynamasını sağlar. Bazen önce cerrahi düzeltme peşinden ortodontik tedavi görmek gerekebilir.