Erkekten kadına cinsiyet değiştirme ameliyatlarında kullanılan bir çok yöntem vardır. Bunlardan en sık kullanılanları:
Penis cildinin içeri döndürülerek (aynı bir eldiven parmağının ters dönmesi gibi) vajen oluşturulması: Bu yöntem 1970’den beri uygulanmakta olup o yıldan bugünlere kadar yöntemde bazı modifikasyonlar yapılmıştır.
Bacaktan yada kasıktan alınan cilt yamaları ile vajen oluşturulması.
Bir barsak segmenti kullanılarak vajen oluşturulması.
Bacaktan kasığa yakın bölgeden kas-cilt dokusu kullanılarak vajen oluşturulması.
Kadın cinsel organındaki büyük dudakların oluşturulması için genellikle scrotum (testis) cildi kullanılır.

Bu hastalarda cinsiyet değişimini tamamlamak için aşağıda sıralanan girişimlerde yapılabilir:

Rinoplasti: Bu hastalarda feminen bir burun görüntüsü oluşturulmalıdır. Ameliyattan önce bilgisayarda resim üzerinde bir rötuş çalışması yapılır. Burun sırtında kemer varsa alınır, kavisli bir burun sırtı ve kalkık bir burun ucu feminen bir görüntü sağlar. Burun genişse daraltılır.
Yüz hatlarının revize edilmesi (feminen bir görüntü verilmesi, yüz feminizasyonu): Gerekli yerlerde implant ile büyütme yapılması (mesela elmacık kemiklerinin implant ile büyütülmesi, yada yağ enjeksiyonu ile dudakların, elmacık kemiklerinin büyütülmesi
Epilasyon: Son yıllarda oldukça popüler olan lazer ve IPL epilasyon cihazları ile kalıcı epilasyon sorun olmaktan çıkmıştır.

Adem elmasının küçültülmesi: Adem elması, boyunda gırtlak kıkırdaklarının oluşturduğu erkeksi bir anatomik çıkıntıdır. Bir çok erkek transeksüel bu kabartıyı kapatmak için boynuna fular takmaktadır. Ufak bir ameliyat ile adem elması ufaltılabilmektedir (tamamen çıkarmaktan bahsetmiyoruz). Bu ameliyat tam adem elmasının üzerinden yapılan ufak bir kesiden yapılır ve estetik dikişlerle kapatılır; fazla dikkat çekici bir iz kalmaz. Ameliyat sırasında ses tellerine zarar gelmesi, bazı hastaların (ve bu ameliyatı yapmayan bazı doktorların) en büyük korkusudur. Bu ameliyat sırasında adem elmasının tamamen çıkarılıp o bölgenin dümdüz hale getirilmesi amaçlanmamaktadır. Yapılan işlem, adem elmasını oluşturan kıkırdağın en çıkıntılı kısmını almak, o kıkırdağı ufaltmaktır. Ameliyat sırasında bu kıkırdağın en üst ve dışa çıkıntılı kısmı alınır; aşağılara, ses tellerine yakın olan kısmına dokunulmaz. Ayrıca ameliyat sırasında gırtlak içine de girilmez, ameliyat tamamen gırtlak yapısının dış yüzeyinde sınırlıdır. Ses telleri ise gırtlak içinde bulunur.

Ses cerrahisi (K.B.B. uzmanları yapmaktadır): Ameliyatla sesi inceltmek mümkündür. Bu ameliyatlara fonoplasti adı verilir.

Meme protezi ile göğüs büyütme: Erkek ve kadında göğüs anatomisi tamamen farklıdır. Erkek transeksüellerde meme büyütme ameliyatı yapılırken bu farklara dikkat etmek gerekir. Örneğin bayanda meme altında bir hat (meme altı hattı) varken erkekte bu normalde yoktur. Ayrıca hormon tedavisi sonucu göğüslerde bir miktar büyüme olacağı unutulmamalı, yeteri kadar hormon tedavisi almadan meme büyütme ameliyatı düşünülmemelidir (en az 18 ay hormon tedavisi almış olmak gerekir). Erkek transeksüellerde memealtı hattı normalde olmadığından silikon jelli protez yerleştirirken bu hattın yeri doğru tespit edilmeli ve protez konduktan sonra ameliyat izinin, yeni oluşturulan meme altı hattına denk gelmesi sağlanmalıdır. Bir önemli noktada bu hastalarda protezin hemen meme dokusu altına mı, yoksa göğüs kası altına mı yerleştirileceğidir. Hastalar genetik olarak erkek olduklarından göğüs kası genetik olarak bayan olan kişilere göre daha güçlüdür. Bu sebeple göğüs kası altına konan protezler, kasın kasılması ile yer değiştirebilir (protezler yukarı doğru yer değiştirebilir ve dış görünüş bozulur). Öte yandan meme dokusu altına konan protezler de, kişide meme dokusu az olduğu için doğal bir görüntü vermeyebilir, dışarıdan dokununca protezler hissedilebilir (çünkü protezi örten meme dokusu azdır). Bir diğer önemli noktada, meme protezleri konduktan sonra meme uçlarının, protezlerin ortasına denk gelmesidir. Erkek transeksüellerde meme büyütme ameliyatı, bayanlara yapılan meme büyütme ameliyatından daha ayrıntılı ve zordur; fakat doğru planlandığında doğal görünen, kadınsı bir göğüs görüntüsü elde edilebilir.
Liposuction
Kaş kaldırma:  Yüze feminen bir görüntü kazandırmak için yapılabilir.
Dudak kalınlaştırma:  Sıklıkla eriyebilen dolgu maddeleri ile yapılır.